Struktur Organisasi dan pengambilan keputusan Konsil LSM Indonesia terdiri dari:
Kongres Nasional
Komite Pengarah Nasional
Dewan Etik
Direktur Eksekutif.
Kongres Nasional adalah organ yang mempunyai kekuasaan dan wewenang tertinggi di dalam Konsil. Kongres merupakan pertemuan nasional yang diikuti seluruh anggota dan diselenggarakan sekurangkurangnya tiga tahun sekali. Kongres Nasional berwenang mengesahkan rencana strategis Konsil, mengesahkan dan atau mengubah Anggaran Dasar (AD) dan Anggaran Rumah Tangga (ART), mengesahkan Kode Etik, serta mengangkat dan memberhentikan Anggota Komite Pengarah Nasional dan Dewan Etik.
Komite Pengarah Nasional merupakan pelaksana keputusan Kongres Nasional, penanggungjawab serta pembuat kebijakan operasional Konsil. Komite Pengarah mempunyai tugas antara lain: merumuskan kebijakan Konsil; melakukan supervisi, pemantauan dan evaluasi terhadap Direktur Eksekutif; menetapkan kebijakan yang merupakan penjabaran AD dan ART dan menyusun program kerja. Komite Pengarah Nasional berwenang mengangkat dan memberhentikan Direktur Eksekutif; mewakili Konsil LSM Indonesia dalam berhubungan dengan pihak luar, dan memberikan persetujuan pengangkatan dan pemberhentian anggota Konsil LSM.
Dewan Etik adalah organ Konsil yang memiliki tugas penegakan Kode Etik. Dewan Etik terdiri dari tiga orang yang dipilih dari anggota Konsil, diangkat dan diberhentikan oleh Kongres Nasional.
Direktur Eksekutif adalah pelaksana kebijakan sehari-hari dan memimpin Sekretariat Konsil LSM Indonesia.
