Tahun 2005 hingga bermuara pada 26 Januari 2006 adalah fase bagi sekumpulan aktivis menggagas suatu perkumpulan. Imajinasinya adalah perkumpulan tersebut adalah tempat belajar dan mengkreasi berbagai potensi. Imajinasi tersebut mengantar pada suatu nama yaitu “Bengkel”—suatu tempat mereprarasi. Advokasi Pemberdayaan dan Pengembangan Kampung (APPeK) bermakna bahwa tempat reprarasi tersebut adalah tempat untuk mendorong pemberdayaan, menguatkan yang lemah dan marginal sebagai sasaran utamanya.
Di awal berdirinya, inisiator Bengkel APPeK yang dimotori Vinsensius Bureni, Laurensius Sayrani dan Maria Yulita Sarina didukung teman aktivis seperti Tarsisius Tani, Valen Manek, Djoharjo Padeda,Gusti Tiza,Largus Ogut, Rofina Tahan mulai mendiskusikan dan terus berupaya agar Bengkel APPeK segera terealisasi baik dari aspek administrasi maupun aktivitas-aktivitas advokasi secara sukarela. Pendukung Motivator luar bisa juga datang dari Silvi Fanggidae, Jhon Kottan, David Pandie, Lerry Mboeik, Yuliana Ndolu, dan Urbanus Ola Hurek Hal pertama yang dilakukan inisiator adalah melakukan konsolidasi dengan orang baik lembaga maupun individu yang memiliki kepedulian yang sama untuk melakukan gerakan bersama dan membagi peran-peran dalam mengelola Bengkel APPeK. Konsolidasi pun tercapai di mana ada yang secara sukarela bersedia menjadi pendiri, pengurus, pengawas dan pelaksana. Atas kerja keras inisiator maka lahirlah bengkel APPeK tepatnya pada tanggal 26 Januari 2006 secara resmi.
Sejak tahun 2006, Bengkel APPeK mengandalkan kemampuan manusia yang ada. Tidak ada sumber daya pendukung lain seperti dana, komputer, alat komunikasi dan berbagai keterbatasan lainya seperti meja, kursi, lemari dan lain sebagainya. Pelaksana (eksekutif) pada tahun 2006 berjumlah 11 orang relawan. Operasional kantor rmengandalkan honor panitia dan fasilitator jika ada yang diundang oleh lembaga lain untuk membantu dalam kegiatan-kegiatan sebagai panitia atau fasilitator. Seorang yang mendapatkan hak dari fasilitator atau panitia dibagi ke sebelas orang yang lain dan sisanya untuk menjadi operasional harian kantor. Kejadian ini terus menerus dialami oleh eksekutif selama satu tahun sejak berdirinya Bengkel APPeK. Untuk sebuah meja rapat, dibuat dari tangan sendiri Djohardjo Padeda. Sebuah meja dibantu oleh Jhon Kottan sebagai pengurus dan kursi 5 buah kursi dibantu oleh pemilik rumah kontrak kantor. Untuk memenuhi kebutuhan rumah tangga individu eksekutif maka pada pagi hari dan sore sebelum dan sesudah berkantor harus mencari pendapatan dengan cara ojek, bisnis ayam, bisnis sepatu dan lain-lain yang dianggap halal. Kondisi ini tidak menurunkan semangat gerakan para aktivis Bengkel APPeK. Pendampingan terhadap kelompok basis dan Jaringan perempuan usaha kecil dilakukan sukarela tanpa biaya. Atas kerja sukarela yang tanpa surut, maka kepercayaan publik terhadap Bengkel APPeK mulai dirasakan. Di tahun 2007, dengan IIEF-Ford Foundation, Bengkel APPeK mencoba mendorong proses pendidikan pemilih khususnya bagi kelompok perempuan dalam pilkada. Kerjasama awal ini telah membuka lembaran kepercayaan dan mulai berkembangnya Bengkel APPeK. Sebagian besar anggota relawan Bengkel APPeK pun mulai tersebar untuk menjadi bagian dari lembaga lain/program lain diluar Bengkel APPeK. Ada yang ke FK PNPM, ada yang ke Access, ada yang dosen, ada yang menjadi pendamping PKH dan terakhir relawan yang sejak awal bertahan hingga saat ini tinggal 3 orang. Keberadaan para relawan di luar Bengkel APPeK masih terus berkoordinasi dan membantu dengan caranya untuk terus mengembangkan Bengkel APPeK sebagai lembaga publik yang terus berjuang untuk kepentingan desa dan kelompok rentan di NTT. Kepercayaan dari publik baik masyarakat, pemerintah dan mitra NGO/donor mulai tahun 2008 hingga saat ini dengan personil aktivis yang bergabung di Bengkel APPeK saat ini 33 orang yang tersebar di berbagai program di bengkel APPeK. Desa/kelurahan dampingan Bengkel APPeK sudah mulai meluas hingga ke 63 desa kelurahan yang tersebar di Kota Kupang, Kabupaten Kupang dan Kabupaten Timor Tengah Utara.
